(Delta SARS-CoV-2-Immagine Credit Public Domain).
Utilizzando strumenti di bioinformatica e programmazione, un team dell’Università del Missouri ha identificato cinque mutazioni specifiche prevalenti nelle infezioni Delta Plus SARS-CoV-2, ma non in Delta SARS-CoV-2.
Quando Kamlendra Singh è tornato in aereo nel Missouri dall’India ad aprile, ha sviluppato tosse e febbre sull’aereo, nonostante fosse stato vaccinato per COVID 19 e fosse risultato negativo al virus poco prima della partenza.
Tuttavia, Singh è risultato positivo a COVID-19, molto probabilmente a causa dell’infezione della variante Delta, al suo arrivo a casa nella contea di Boone, una diagnosi che stavano riscontrando altre persone completamente vaccinate e coloro che erano già risultati positivi al virus contagioso. Singh voleva sapere perché.
Dopo il suo recupero a casa, Singh, un Professore del MU College of Veterinary Medicine e Bond Life Sciences Center, ha collaborato con lo studente universitario della MU Austin Spratt, Saathvik Kannan, una matricola alla Hickman High School e Siddappa Byrareddy, un Professore alla University of Nebraska Medical Center, per analizzare le sequenze proteiche di oltre 300.000 campioni COVID 19 di due varianti emergenti in tutto il mondo, note come Delta e Delta Plus.
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Utilizzando strumenti di bioinformatica e programmazione, il team ha identificato cinque mutazioni specifiche che sono molto più prevalenti nelle infezioni Delta Plus rispetto alle infezioni Delta, inclusa una mutazione, K417N, presente in tutte le infezioni Delta Plus, ma presente in quasi nessuna infezione Delta. I risultati forniscono importanti indizi ai ricercatori sui recenti cambiamenti strutturali del virus ed evidenziano la necessità di espandere la cassetta degli attrezzi nella lotta contro il COVID 19.
Spiegano gli autori:
“Sindrome respiratoria acuta grave Il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) si è evoluto rapidamente sotto forma di nuove varianti. Sono state segnalate almeno undici varianti note. L’obiettivo di questo studio era di delineare le differenze nel profilo mutazionale delle varianti Delta e Delta Plus. Sono state utilizzate sequenze di alta qualità (n = 1756) delle varianti Delta (B.1.617.2) e Delta Plus (AY.1 o B.1.617.2.1) per determinare la prevalenza delle mutazioni (≥20 %) nell’intero Genoma del SARS-CoV-2, loro coesistenza e variazione della prevalenza nel tempo. È stata condotta un’analisi strutturale per ottenere informazioni sull’impatto delle mutazioni sul legame degli anticorpi. Un diagramma di Sankey è stato generato utilizzando l’analisi filogenetica insieme alle date di acquisizione della sequenza per dedurre la migrazione della variante Delta Plus e la sua presenza negli Stati Uniti. La variante Delta Plus presentava un numero significativo di mutazioni ad alta prevalenza (≥20 %) rispetto alla variante Delta. Le mutazioni della firma in Spike (G142D, A222V e T95I) esistevano in una percentuale più significativa nella variante Delta Plus rispetto alla variante Delta. Tre mutazioni in Spike (K417N, V70F e W258L) erano presenti esclusivamente nella variante Delta Plus. È stata identificata una nuova mutazione in ORF1a (A1146T), che era presente solo nella variante Delta Plus con una prevalenza di circa il 58%. Inoltre, cinque mutazioni chiave (T95I, A222V, G142D, R158G e K417N) erano significativamente più prevalenti nel Delta Plus rispetto alla variante Delta. Le analisi strutturali hanno rivelato che le mutazioni alterano la conformazione della catena laterale per indebolire le interazioni con gli anticorpi. Delta Plus, emersa per la prima volta in India, ha raggiunto gli Stati Uniti attraverso l’Inghilterra e il Giappone, seguita dalla sua diffusione in oltre 20 Stati Uniti. Sulla base dei risultati presentati in questo studio, è chiaro che le varianti Delta e Delta Plus hanno profili di mutazione unici e la variante Delta Plus non è solo una semplice aggiunta di K417N alla variante Delta”.
“Sia che si tratti di anticorpi naturali prodotti da un precedente COVID-19 o di anticorpi prodotti dal vaccino, stiamo dimostrando strutturalmente quanto sia pericoloso e intelligente il virus grazie alla sua capacità di mutare in un modo che gli anticorpi non sembrano riconoscere e difendersi da queste nuove varianti“, ha detto Spratt. “Questi risultati aiutano a spiegare perché ci sono state così tante persone che sono risultate positive alle varianti Delta nonostante siano state vaccinate o siano state precedentemente infettate da COVID-19”.
Singh ha spiegato che anche se i vaccini COVID-19 sono efficaci, un altro possibile strumento per rispondere alla pandemia potrebbe essere lo sviluppo di farmaci antivirali che colpiscano aree specifiche del virus che rimangono invariate a causa delle mutazioni.
“Non c’è ancora un vaccino per l’HIV a causa dell’imprevedibile variabilità che spesso accompagna i virus che mutano frequentemente”, ha detto Singh. “Se possiamo sviluppare farmaci a piccole molecole che colpiscono la parte del virus che non muta, questa sarà la soluzione definitiva per combattere il virus“.
Fonte: Journal of Autoimmunity
