Un importante ostacolo ai test su larga scala per l’infezione da SARS-CoV-2 nel mondo in via di sviluppo è la carenza di sostanze chimiche chiave, o reagenti, necessari per il test, in particolare quelli utilizzati per estrarre il materiale genetico del virus, o RNA.
Un team di scienziati dell’Università del Vermont, che lavora in collaborazione con un gruppo dell’Università di Washington, ha sviluppato un test per il virus SARS-CoV-2 che non fa uso di queste sostanze chimiche, ma fornisce comunque un risultato accurato, aprendo la strada a test poco costosi e ampiamente disponibili sia nei paesi in via di sviluppo che nei paesi industrializzati come gli Stati Uniti, dove le scorte di reagenti scarseggiano.
Il metodo per il test, pubblicato il 2 ottobre su PLOS Biology, omette il passaggio del test RT-PCR (reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa) ampiamente utilizzato in cui sono necessari i pochi reagenti.
92% di accuratezza, mancano solo le cariche virali più basse
L’accuratezza del nuovo test è stata valutata da un team di ricercatori dell’Università di Washington guidato da Keith Jerome, Direttore del Molecular Virology Lab dell’Università, utilizzando 215 campioni COVID-19 che i test RT-PCR avevano dimostrato essere positivi, con un intervallo di cariche virali e 30 negativi.
Il nuovo test ha identificato correttamente il 92% dei campioni positivi e il 100% dei negativi.
I campioni positivi che il nuovo test non è riuscito a catturare avevano livelli molto bassi di virus. Gli esperti di sanità pubblica credono sempre più che per rallentare la diffusione della malattia non siano necessari test ultrasensibili che identificano individui con anche la più piccola carica virale.
“È stato un risultato molto positivo”, ha affermato Jason Botten, esperto presso il Larner College of Medicine dell’Università del Vermont e autore senior del documento. La sua collega di Botten, Emily A. Bruce, è la prima autrice dell’articolo.
Saltare un passaggio
“Il test PCR standard ha tre passaggi, mentre questa versione più semplice del test standard ne ha solo due”, ha detto Botten. “Nella fase 1 del test RT-PCR, si prende il tampone con il campione nasale, si ritaglia l’estremità e lo si posiziona in una fiala di liquido o terreno. Qualsiasi virus sul tampone si trasferirà dal tampone al terreno”, egli ha spiegato. “Nella fase 2, si preleva un piccolo campione del terreno contenente virus e si utilizzano reagenti chimici, quelli che spesso scarseggiano, per estrarre l’RNA virale. Nella fase 3, si utilizzano altre sostanze chimiche per amplificare notevolmente qualsiasi materiale virale che potrebbe esserci. Se il virus fosse presente, riceverai un segnale positivo”.
“Il nuovo test salta il secondo passaggio: prende un campione del terreno che conteneva il tampone nasale e va direttamente alla terza fase di amplificazione“, ha detto Botten, eliminando la necessità di reagenti che spesso scarseggiano per l’estrazione dell’RNA e riducendo significativamente il tempo, la manodopera e i costi necessari per l’estrazione virale RNA dal terreno nel passaggio 2″, ha affermato Botten che ha aggiunto che il test è ideale per i programmi di screening, sia nei paesi sviluppati che in quelli in via di sviluppo, poiché è poco costoso, richiede molto meno tempo di elaborazione e identifica in modo affidabile coloro che potrebbero diffondere la malattia.
“Il suo basso costo e la sua efficienza potrebbero estendere la capacità di test a residenti asintomatici, case di cura, lavoratori essenziali e scolari. Il test RT-PCR standard potrebbe essere riservato a gruppi, come gli operatori sanitari, dove è essenziale una precisione prossima al 100%.
Un influente pre-stampa indica la strada per l’adozione diffusa del test
Il test in due fasi sviluppato dal team dell’Università del Vermont ha catturato per la prima volta l’attenzione della comunità scientifica a marzo, quando i risultati preliminari che hanno identificato accuratamente sei campioni del Vermont positivi e tre negativi sono stati pubblicati come preprint in bioRxiv, un repository ad accesso aperto per le Scienze biologiche. La prestampa è stata scaricata 18.000 volte – nella prima settimana si è classificata al 17 ° posto tra i 15 milioni di articoli pubblicati dal sito – e l’abstract è stato visto 40.000 volte.
Botten è stato ascoltato dai laboratori di tutto il mondo che avevano letto il preprint e volevano saperne di più sul nuovo test.
Lo studio ha già mostrato risultati promettenti. Anche uno dei laboratori in Cile ha utilizzato il test sui propri campioni della comunità e ha ottenuto risultati accurati.
Supponendo che tutto vada bene, Pettit e i suoi colleghi dell’Università del Vermont e dell’Università di Washington, nonché scienziati dei 10 siti partner, intendono pubblicare i risultati.
“L’obiettivo è rendere il test in due fasi accessibile a qualsiasi laboratorio nel mondo che deve affrontare questi ostacoli e necessita di un ampio utilizzo”, ha detto.
Fonte:Medicalxpress
