(SARS-CoV-2-Immagine:particelle virali del coronavirus SARS–CoV–2 su cellule umane. Credit: NIAID).
Dall’inizio di questa pandemia, sono emerse diverse varianti di SARS-CoV-2 a causa di mutazioni. Alcune varianti, in particolare quelle appartenenti alla categoria delle varianti preoccupanti (VOC), sono più virulente e trasmissibili rispetto al ceppo originario, e alcune possono anche eludere la protezione immunitaria indotta tramite la vaccinazione COVID-19 o l’infezione naturale. Le varianti SARS-CoV-2 hanno causato epidemie distinte, successive o sovrapposte.
Un nuovo studio, pubblicato sul server di prestampa medRxiv *, ha descritto l’emergere di un’altra nuova variante di SARS-CoV-2 dal sud-est della Francia con origine camerunese.
L’emergere di una nuova variante SARS-CoV-2-IHU
I ricercatori hanno riferito che il caso indice era un adulto con infezione da COVID-19 e la sua diagnosi è stata confermata dalla qPCR, utilizzando un campione nasofaringeo raccolto intorno alla metà di novembre 2021. L’uomo è stato vaccinato contro l’infezione da SARS-CoV-2 e ha sviluppato lievi sintomi respiratori entro tre giorni dal ritorno dal Camerun. Gli è stato diagnosticato COVID-19 entro un giorno dall’insorgenza dei sintomi respiratori. Gli scienziati hanno rilevato un nuovo modello di mutazioni, ovvero una combinazione atipica con mutazioni L452R-negative, E484K-positive ed E484Q-negative, che non era simile alla variante Delta (ceppo circolante dominante) o ad altre varianti SARS-CoV-2. È interessante notare che i campioni respiratori raccolti da altri sette pazienti infetti da SARS-CoV-2 residenti nella stessa area geografica hanno mostrato una combinazione simile di mutazioni esaminate mediante qPCR.
Per ulteriori analisi, questi campioni sono stati inviati all’istituto ospedaliero universitario Méditerranée Infection per il sequenziamento del genoma SARS-CoV-2. L’analisi genomica ha rivelato la presenza di quarantasei sostituzioni nucleotidiche e trentasette delezioni. I ricercatori hanno inoltre segnalato la presenza di quattordici sostituzioni di amminoacidi e nove delezioni di amminoacidi localizzate nella proteina spike. Alcune delle combinazioni di mutazioni sono risultate simili ad altre varianti SARS-CoV-2, ad esempio sono state combinate le sostituzioni N501Y ed E484K, che è simile alle varianti Beta, Gamma, Theta e Omicron. Allo stesso modo, la presenza della sostituzione F490S era simile alla variante Lambda e la sostituzione P681H era simile alle varianti Lambda e Omicron.
Oltre alla proteina spike, si sono verificate mutazioni anche in altre proteine strutturali, cioè due sostituzioni nella proteina nucleocapside e una nella proteina di membrana. Nel contesto delle proteine non strutturali, gli scienziati hanno osservato una sostituzione nelle proteine RNA polimerasi RNA-dipendenti, ovvero Nsp2, Nsp3, Nsp4, Nsp6, Nsp12 ed elicasi (Nsp13). Inoltre, sono state trovate due sostituzioni in Nsp14 (3′-5’esonucleasi), quattro sostituzioni in Nsp8 e tre delezioni in Nsp6. Sono state riportate anche modifiche degli aminoacidi nelle proteine regolatorie, ovvero quattro sostituzioni in ORF3a, una in ORF9b e una in ORF8.
Dopo l’analisi primaria, Pangolin ha caratterizzato questo ceppo al lignaggio B.1.640. Successivamente, i ricercatori hanno posizionato questo genoma come un outgroup del lignaggio B.1.640 che corrisponde a una variante identificata per la prima volta in Francia nell’aprile 2021, in Indonesia nell’agosto 2021 e nella Repubblica del Congo (Brazzaville) nel settembre 2021. Diversi casi di COVID-19 di questo lignaggio sono stati segnalati anche dalla Bretagna, in Francia, intorno alla metà di ottobre 2021. Tuttavia, entrambi i lignaggi differiscono per sette mutazioni, venticinque sostituzioni di nucleotidi e trentatré delezioni di nucleotidi.
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Dopo aver studiato le somiglianze e le differenze genomiche e i modelli di mutazione, gli scienziati hanno segnalato l’emergere di una nuova variante di SARS-CoV-2 e l’hanno chiamata “IHU”. L’analisi filogenetica ha rivelato che IHU e B.1.640 sono strettamente correlate, ma comprendono due rami divergenti. I ricercatori hanno osservato che il caso indice è stato probabilmente infettato dalla variante IHU durante il suo soggiorno in Camerun, ma nessuna delle sequenze disponibili in GISAID, tra i genomi di questo paese, corrispondeva o apparteneva a lignaggi. B.1.640.1 o B.1.640.2. Tutti i campioni positivi alla variante IHU hanno mostrato modelli simili di combinazioni di mutazioni nella regione du spike.
Conclusione
Gli autori hanno evidenziato l’imprevedibilità dell’emergere di nuove varianti di SARS-CoV-2. Inoltre, hanno evidenziato la maggiore possibilità di introduzione di una nuova variante dall’estero, che potrebbe diffondersi rapidamente in una nuova area geografica. Gli scienziati hanno sottolineato l’importanza della sorveglianza genomica di SARS-CoV-2 che è stata implementata a livello nazionale in Francia dall’estate del 2020.
Questo studio ha descritto l’emergere di una nuova variante di SARS-CoV-2 e l’ha chiamata IHU. Tuttavia, i ricercatori hanno affermato che è ancora presto per speculare sulle varianti IHU poiché il numero di casi è estremamente basso.
*Avviso IMPORTANTE
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Fonte: medRxiv *
