Immagine: i ricercatori CSIRO stanno studiando SARS-CoV-2, che ha un genoma a RNA a filamento singolo, per capire come si evolve il virus. Credito: CSIRO.
I ricercatori del CSIRO, l’agenzia scientifica nazionale australiana, hanno svelato un nuovo approccio all’analisi dei codici genetici del virus SARS-CoV-2 che causa COVID-19.
Le risposte precliniche a focolai di malattie infettive in rapido movimento dipendono fortemente dalla scelta dei migliori isolati per i modelli animali che informano la diagnostica, i vaccini e i trattamenti. Gli attuali approcci sono guidati da considerazioni pratiche (ad esempio il primo isolato di virus disponibile) piuttosto che da un’analisi dettagliata delle caratteristiche del ceppo virale scelto, che possono portare a modelli animali che non sono rappresentativi dei cluster circolanti o emergenti.
Questo studio suggerisce una combinazione di considerazioni epidemiologiche, sperimentali e bioinformatiche nella scelta dei ceppi virali per la generazione di modelli animali. Dicono gli autori: “Discutiamo i ceppi SARS ‐ CoV ‐ 2 attualmente scelti per i modelli di coronavirus internazionale (COVID ‐ 19) nel contesto della loro filogenesi e in un nuovo approccio bioinformatico privo di allineamento. A differenza degli alberi filogenetici, che si concentrano su singole mutazioni condivise, questo nuovo approccio valuta le funzionalità di co-sviluppo a livello del genoma e offre quindi una visione più fluida della “nuvola di varianze” che i virus dell’RNA sono inclini ad accumulare. Questo approccio comune conclude che mentre gli attuali modelli animali coprono adeguatamente i ceppi virali esistenti, vi è una sostanziale attività evolutiva che probabilmente non è considerata dagli attuali modelli. Sulla base di approfondimenti tratti dall’approccio non discreto privo di allineamento e osservazioni sperimentali, suggeriamo isolati per futuri modelli animali”.
Vedi anche: I test anticorpali per SARS-CoV-2 cambieranno davvero tutto?
