Esiste una comunità scientifica mondiale impegnata a rintracciare il virus SARS-CoV-2. Efrem Lim è a capo di un team di ASU che esamina come il virus può diffondersi, mutare e adattarsi nel tempo.
Per tracciare le tracce del virus in tutto il mondo, il team di Lim sta usando una nuova tecnologia chiamata sequenziamento di prossima generazione presso la Genomics Facility dell’ASU, per leggere rapidamente tutte le 30.000 lettere chimiche del codice genetico SARS-CoV-2. Ogni sequenza è depositata in una banca genetica mondiale, gestita da un’organizzazione scientifica no profit chiamata GISAID. Ad oggi, oltre 16.000 sequenze SARS-CoV-2 sono state depositate nel database EpiCoVTM di GISAID. I dati di sequenza mostrano che SARS-CoV-2 ha avuto origine da un’unica fonte da Wuhan, in Cina, mentre molti dei primi casi in Arizona analizzati hanno mostrato che il viaggio dall’Europa è la fonte più probabile.
Ora, usando un pool di 382 campioni di tampone nasale ottenuti da possibili casi COVID-19 in Arizona, il team di Lim ha identificato una mutazione SARS-CoV-2 che non era mai stata trovata prima —- dove 81 delle lettere sono scomparse, in modo permanente cancellate dal genoma.
Lo studio è stato pubblicato nella versione online del Journal of Virology.
Non appena Lim ha reso disponibili i dati del manoscritto su un server di prestampa medRxiv, ha attirato l’interesse mondiale della comunità scientifica, compresa l’Organizzazione Mondiale della Sanità. “Uno dei motivi per cui questa mutazione è di interesse è perché riflette una grande eliminazione sorta anche nell’epidemia di SARS del 2003.”, afferma Efrem Lim, Assistant Professor, ASU’s Biodesign Institute.
Vedi anche: Inquinamento atmosferico associato a una maggiore virulenza di SARS-CoV-2
Durante le fasi intermedie e tardive dell’epidemia di SARS, SARS-CoV ha accumulato mutazioni che hanno attenuato il virus. Gli scienziati ritengono che un virus indebolito che causa una malattia meno grave possa avere un vantaggio selettivo se è in grado di diffondersi in modo efficiente attraverso le popolazioni da persone infette inconsapevolmente. Comprendere cosa significa esattamente tutto questo è di profondo interesse per Lim e i suoi colleghi. Il gruppo di ricerca ASU comprende LaRinda A. Holland, Emily A. Kaelin, Rabia Maqsood, Bereket Estifanos, Lily I. Wu, Arvind Varsani, Rolf U. Halden, Brenda G. Hogue e Matthew Scotch.
Il team di virologia dell’ASU era stato istituito per svolgere ricerche sui virus dell’influenza stagionale, ma quando il 3 ° caso di COVID-19 è stato trovato in un individuo dell’Arizona il 26 gennaio 2020, i ricercatori sapevano di avere tutte le capacità tecniche e scientifiche per passare rapidamente all’esame la diffusione di SARS-CoV-2.
