L’ epodermolisi bollosa distrofica o DEB, è un raro disturbo ereditario della fragilità cutanea caratterizzato da gravi vescicole cutanee. Le vesciole spesso guariscono in modo anomalo, con cicatrici significative che possono ridurre la destrezza e il range di movimento nel tempo. Il disturbo presenta anche un alto rischio di cancro della pelle aggressivo che si sviluppa prima dei 35 anni.
La malattia è causata da mutazioni con perdita di funzione nel gene che codifica per il collagene VII. Le proteine del collagene sono componenti strutturali importanti della matrice extracellulare. Come la perdita di collagene VII nelle cellule epiteliali contribuisce a tale patologia, rimane mal compreso.
In uno studio pubblicato su Molecular & Cellular Proteomics, i ricercatori dell’Università di Friburgo, guidati da Jorn Dengjel, hanno eseguito un trascrittoma globale e un profilo proteomico confrontando le cellule della pelle isolate da pazienti con DEB con cellule normali della pelle umana. I ricercatori hanno scoperto che la perdita di collagene VII ha influenzato la composizione del microambiente cellulare riducendo l’abbondanza di proteine leganti il collagene. La perdita di collagene VII ha anche portato a cambiamenti globali nel modo in cui la cellula ha gestito il turnover di mRNA e proteine, con aumento dell’autofagia e proteolisi nelle cellule derivate dal paziente rispetto ai controlli. I ricercatori hanno dimostrato che i processi infiammatori e proteolitici erano perturbati nelle cellule di DEB sia in vitro che in vivo. Lo studio fornisce un quadro globale, ma dettagliato, delle conseguenze molecolari disregolate del deficit di collagene VII.
Caratterizzazione dei cambiamenti proteici nell’attivazione delle cellule T mediante la nuova proteomica
Le modifiche post-traduzionali delle proteine sono importanti per l’attivazione delle cellule T durante una risposta immunitaria. Una di queste modifiche, chiamata O-GlcNAc, comporta l’aggiunta di una molecola di zucchero sulle proteine. È noto che l’aggiunta di O-GlcNAc è implicata nell’attivazione delle cellule T; tuttavia la sua funzione sulla maggior parte delle glicoproteine rimane sconosciuta a causa della difficoltà nel trovare e mappare i siti O-GlcNAc.
In uno studio pubblicato su Molecular & Cellular Proteomics, i ricercatori delle università di Harvard e Stanford guidati da Christina Woo, hanno utilizzato un metodo chiamato IsoTaG per catalogare e quantificare i siti O-GlcNAc nelle cellule T umane a riposo e attivate. IsoTaG funziona etichettando metabolicamente i residui di O-GlcNAc e taggandoli per consentire l’arricchimento e la successiva identificazione mediante spettrometria di massa. I ricercatori hanno identificato 2.219 peptidi O-GlcNAcilati da 1.045 glicoproteine, la più completa caratterizzazione dei siti di modificazione O-GlcNAc di sempre. Utilizzando saggi di gel shift, hanno ulteriormente confermato i risultati quantitativi di un certo numero di proteine che hanno mostrato cambiamenti significativi durante l’attivazione delle cellule T.
