Deltacron: la storia della variante che non c’era

(Deltacron-Immagine: i ricercatori affermano che le sequenze “Deltacron” potrebbero essere il risultato di errori di laboratorio. Credito: T. Narayan/Bloomberg/Getty).

La notizia di una “super variante” che combina Delta e Omicron, chiamata deltacron, si è diffusa rapidamente la scorsa settimana, ma i ricercatori affermano che non è mai esistita e che le sequenze potrebbero essere il risultato di una contaminazione.

 Il 7 gennaio, il virologo Leondios Kostrikis ha annunciato alla televisione locale che il suo gruppo di ricerca presso l’Università di Cipro a Nicosia aveva identificato diversi genomi SARS-CoV-2 che presentavano elementi sia della variante Delta che di Omicron.

Chiamato “Deltacron”, Kostrikis e il suo team hanno caricato 25 sequenze sul popolare repository pubblico GISAID quella sera e altre 27 pochi giorni dopo. L’8 gennaio, la testata giornalistica finanziaria Bloomberg ha raccolto la notizia e Deltacron è diventata una notizia internazionale.

La risposta della comunità scientifica è stata rapida. Molti specialisti hanno dichiarato sia sui social che alla stampa che le 52 sequenze non indicavano una nuova variante, e non erano il risultato della ricombinazione – la condivisione genetica di informazioni – tra virus, ma probabilmente erano il risultato di una contaminazione in laboratorio.

“Non esiste una cosa come #Deltacron”, ha twittato Krutika Kuppalli, un membro del team tecnico COVID-19 dell’Organizzazione Mondiale della Sanità con sede presso la Medical University of South Carolina a Charleston, il 9 gennaio. “#Omicron e #Delta NON hanno formato una super variante.”

Diffusione di disinformazione

La storia di come un piccolo raccolto di sequenze SARS-CoV-2 sia diventata il fulcro di una breve e intensa controversia scientifica è complicata. E sebbene alcuni ricercatori applaudano al sistema per aver individuato rapidamente un possibile errore di sequenza, altri avvertono che gli eventi della scorsa settimana potrebbero offrire un avvertimento sulla diffusione della disinformazione durante la pandemia.

Kostrikis afferma che alcuni aspetti della sua ipotesi originale sono stati fraintesi e che, nonostante il nome confuso che alcuni media hanno interpretato per indicare che le sequenze fossero quelle di un virus ricombinante Delta-Omicron, non ha mai detto che le sequenze rappresentassero un ibrido dei due.

Tuttavia, 72 ore dopo che i ricercatori hanno caricato le sequenze, Kostrikis le ha rimosse dalla vista pubblica sul database, in attesa di ulteriori indagini.

Cheryl Bennett, un funzionario dell’ufficio di Washington DC della Fondazione GISAID, afferma che, poiché più di 7 milioni di genomi SARS-CoV-2 sono stati caricati nel database GISAID da gennaio 2020, alcuni errori di sequenziamento non dovrebbero sorprendere.

“Tuttavia, correre a conclusioni affrettate sui dati che sono stati appena resi disponibili dai laboratori che si trovano sotto una notevole pressione di tempo per generare dati in modo tempestivo non è utile in nessun focolaio”, afferma.

Un errore nella sequenza?

Le sequenze “Deltacron” sono state generate da campioni di virus ottenuti da Kostrikis e dal suo team a dicembre nell’ambito di uno sforzo per monitorare la diffusione delle varianti SARS-CoV-2 a Cipro. Durante l’esame di alcune delle loro sequenze, i ricercatori hanno notato una firma genetica simile a Omicron nel gene per la proteina spike, che aiuta il virus a entrare nelle cellule.

In una e-mail a Nature, Kostrikis spiega che la sua ipotesi iniziale era che alcune particelle del virus Delta avessero evoluto in modo indipendente mutazioni nel gene spike simili a quelle comuni in Omicron. Ma dopo l’ampia copertura giornalistica, altri scienziati che lavorano sul sequenziamento genetico e su COVID-19 hanno sottolineato un’altra possibilità: un errore di laboratorio.

Il sequenziamento di qualsiasi genoma dipende dai primer: brevi frammenti di DNA fabbricato che fungono da punto di partenza per il sequenziamento legandosi alla sequenza target.

“Delta, tuttavia, ha una mutazione nel gene spike che riduce la capacità di alcuni primer di legarsi ad esso, rendendo più difficile il sequenziamento di questa regione del genoma. Omicron non condivide questa mutazione, quindi se delle particelle di Omicron sono state mescolate nel campione a causa della contaminazione, il gene della spike sequenziato potrebbe sembrare simile a quello di Omicron”, afferma Jeremy Kamil, virologo della Louisiana State University Health Shreveport .

Vedi anche: Deltacron probabile risultato di un errore di laboratorio

“Questo tipo di contaminazione”, dice Kamil, “è comune”.

Kostrikis ribatte che se Deltacron fosse un prodotto di contaminazione, il sequenziamento avrebbe dovuto produrre sequenze di Omicron con mutazioni simili a Delta, poiché Omicron ha una propria mutazione che ostacola il primer. Aggiunge che l’argomento della contaminazione del laboratorio Deltacron è stato “guidato dai social media senza considerare i nostri dati completi e senza fornire alcuna prova concreta che non sia reale”.

Sfatare la debacle

Tuttavia, altri ricercatori hanno anche sottolineato che, anche se le sequenze non sono il risultato di una contaminazione, le mutazioni identificate da Kostrikis non sono esclusive di Omicron e si trovano in altre varianti, rendendo “Deltacron” una specie di termine improprio.

“In effetti, GISAID è disseminato di sequenze che hanno elementi di sequenze visti in altre varianti”, afferma Thomas Peacock, virologo dell’Imperial College di Londra. “Tali sequenze vengono caricate continuamente”, dice. “Ma, generalmente, le persone non devono sfatarle perché non c’è un carico di stampa internazionale su di esse”.

“Gli scienziati devono stare molto attenti a quello che dicono”, ha detto a Nature un virologo, che voleva rimanere anonimo per evitare di essere coinvolto nella controversia . “Quando diciamo qualcosa, i confini possono essere chiusi”.

Kostrikis ora afferma di essere “in procinto di indagare su tutte le opinioni cruciali espresse da eminenti scienziati di tutto il mondo sul suo recente annuncio”. Dice che ha intenzione di sottoporre la sua ricerca alla revisione tra pari.

Nel frattempo, Kamil e altri ricercatori temono che tali incidenti possano rendere i ricercatori più riluttanti a condividere dati sensibili al tempo. “Devi consentire alla comunità scientifica di autocorreggersi”, dice. “E, in una pandemia, devi facilitare la rapida condivisione dei dati del genoma virale, perché è così che troviamo le varianti”.

Fonte: Nature