Immagine: un progetto di crowdsourcing basato sulla potenza di elaborazione individuale e aziendale in tutto il mondo ha creato un supercomputer per accelerare la ricerca sul coronavirus SARS-CoV-2.
Aziende grandi e piccole hanno unito le forze per uno sforzo di raccolta dati senza precedenti che mira a sfruttare la potenza della elaborazione inattiva per accelerare la ricerca di un trattamento del coronavirus SARS-CoV-2.
Il progetto guidato da biologi computazionali ha effettivamente creato il supercomputer più potente al mondo in grado di gestire trilioni di calcoli necessari per comprendere la struttura del virus. Più di 400.000 utenti hanno scaricato l’applicazione nelle ultime due settimane da “Folding @ Home”, secondo Greg Bowman, Professore di biochimica e biofisica molecolare alla Washington University di St. Louis, dove ha sede il progetto.
Lo sforzo di “calcolo distribuito” collega migliaia di dispositivi per creare un supercomputer virtuale. Il progetto lanciato all’Università di Stanford 20 anni fa è stato realizzato per utilizzare la potenza di calcolo di crowdsourcing per simulazioni per comprendere meglio le malattie, in particolare le anomalie del “ripiegamento delle proteine” che possono rendere mortali i patogeni. “Le simulazioni ci consentono di osservare come ogni atomo si muove nel tempo”, ha detto Bowman ad AFP.
L’analisi approfondita cerca “tasche” o buchi nel virus in cui un farmaco può essere spremuto. “Il nostro obiettivo primario è quello di cercare siti vincolanti per la terapia”, ha detto Bowman.
“Obiettivi farmacologici”
Il potente sforzo di elaborazione può testare potenziali terapie farmacologiche, una tecnica nota come progettazione computazionale di farmaci. Bowman ha affermato di essere ottimista riguardo a questo sforzo perché il team ha precedentemente trovato un obiettivo “farmacologico” nel virus Ebola e perché COVID-19 è strutturalmente simile al virus SARS che è stato oggetto di numerosi studi. “La migliore opportunità per il futuro a breve termine è se possiamo trovare un farmaco esistente che possa legarsi a uno di questi siti”, ha detto il ricercatore. “Se ciò accade, il farmaco potrebbe essere utilizzato immediatamente. Questo lavoro probabilmente includerà farmaci come gli antimalarici clorochina e idrossiclorochina che possono essere “riproposti” per COVID-19″.
Bowman ha affermato che il progetto è stato in grado di aumentare la sua potenza a circa 400 petaflop – con ogni petaflop in grado di eseguire un quadrilione di calcoli al secondo – o tre volte più potente dei migliori supercomputer al mondo. Anche altri supercomputer stanno lavorando in parallelo. L’Oak Ridge National Laboratory ha dichiarato all’inizio di questo mese che utilizzando il più potente supercomputer IBM ha identificato 77 potenziali compostiche potrebbero legarsi alla principale proteina “spike” del coronavirus per disarmare il patogeno.
Immagine: i ricercatori che utilizzano potenti analisi al computer stanno cercando di comprendere meglio la struttura molecolare di COVID-19 per aiutare a trovare un trattamento.
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l progetto Folding @ Home è alimentato dalla potenza di calcolo in crowdsourcing di desktop, laptop e persino console PlayStation delle persone, nonché da computer e server aziendali più potenti. “Non c’è fine al potere di calcolo che possiamo usare in linea di principio”, ha detto Bowman. Partecipano anche grandi aziende tecnologiche, tra cui GitHub di proprietà di Microsoft e il progetto è in discussione con altri.
Chiunque abbia un computer relativamente recente può contribuire installando un programma che scarica una piccola quantità di dati per l’analisi. Le persone possono scegliere su quale malattia desiderano lavorare. “È come il mining di bitcoin, ma al servizio dell’umanità”, ha affermato Quentin Rhoads-Herrera della società di sicurezza Critical Start, che ha fornito il suo potente computer “hash cracker” progettato per decifrare le password del progetto. Rhoads-Herrera ha affermato che il suo team di ricercatori sulla sicurezza, a volte descritto come “hacker di cappelli bianchi”, incoraggiava più persone a partecipare.
Fonte: Medicalxpress
