COVID: pubblicati i dati sulle origini dal mercato di Wuhan

COVID-Mercato di Wuhan-Immagine Credit Alamy-

La prima analisi peer-reviewed dei tamponi cinesi conferma che il DNA animale era presente in campioni risultati positivi per SARS-CoV-2.

I ricercatori del Centro cinese per il controllo e la prevenzione delle malattie (China CDC) hanno pubblicato un’analisi molto attesa dei tamponi raccolti in un mercato umido a Wuhan, in Cina, nelle prime settimane della pandemia di COVID-19, nonché i dati sottostanti che la comunità di ricerca internazionale ha chiesto fin dall’inizio dell’epidemia.

L’analisi, pubblicata su Nature il 5 aprile, conferma che i tamponi del mercato all’ingrosso di prodotti ittici di Huanan – chiuso a gennaio 2020 e da tempo collegato all’inizio della pandemia – contenevano materiale genetico di animali selvatici e sono risultati positivi al SARS- CoV -2. Ciò suggerisce che è possibile che un animale possa essere stato un ospite intermedio di un virus che si è riversato per infettare gli esseri umani. Ma i ricercatori affermano che le ultime scoperte non riescono ancora a fornire la prova definitiva che SARS-CoV-2 abbia avuto origine da un evento di spillover da animale a uomo. (Gli autori dello studio, guidati dall’ex Direttore del CDC cinese George Gao, non hanno risposto alle richieste di commento del team giornalistico di Nature).

L’ormai chiuso mercato ittico all’ingrosso di Huanan a Wuhan, in Cina, è al centro dell’ipotesi che il virus SARS-CoV-2 sia “trasversato” dagli animali all’uomo. 

Tuttavia, i ricercatori affermano che la pubblicazione dei dati genomici, che sono stati depositati su archivi aperti, è cruciale, perché consentirà ulteriori analisi che potrebbero offrire indizi sull’origine della pandemia. “È uno dei set di dati più importanti che abbiamo avuto dall’inizio della pandemia“, afferma Florence Débarre, biologa evoluzionista presso l’Agenzia di Ricerca Nazionale francese CNRS a Parigi, che faceva parte di un team che ha causato polemiche pubblicando la propria analisi dei dati Cina CDC il mese scorso. 

Il virologo evoluzionista Jesse Bloom afferma che sebbene i tamponi, raccolti nel gennaio 2020, forniscano informazioni utili su quali animali fossero sul mercato, sono necessari anche campioni precedenti per trovare le origini della pandemia. “Se mai sapremo le origini esatte di SARS-CoV-2, sospetto che proverrà da nuove informazioni su casi o eventi all’inizio di dicembre o novembre del 2019 o prima“, afferma Bloom che è al Fred Hutchinson Cancer Center a Seattle, Washington.

Il documento è l’ultimo di una serie di analisi pubblicate di questi campioni dal mercato e il primo ad essere sottoposto a revisione paritaria. I risultati concordano con un’analisi preliminare separata secondo cui i tamponi contengono dati genetici di animali selvatici e di SARS-CoV-2. Ma questi campioni ambientali non confermano che nessuno degli animali presenti sia stato infettato dal virus.

Il team cinese dietro l’ultimo rapporto aveva pubblicato una versione prestampata del suo studio nel febbraio 2022 che non includeva un’analisi del materiale genetico animale nei tamponi e non rendeva pubblici i dati della sequenza sottostante. Il team che includeva Débarre ha trovato i dati del tampone del China CDC nel database di genomica online GISAID e ha pubblicato la propria analisi sul repository di ricerca Zenodo. Quel rapporto identificava materiale di animali selvatici nei tamponi risultati positivi per SARS-CoV-2 e indicava gli animali, compresi i cani procione, come specie di interesse.

Studio controverso

L’ultimo rapporto dà peso a una delle due teorie concorrenti su come è iniziata la pandemia di COVID-19. Il dibattito si è acceso sul fatto che avesse un’origine naturale, con un virus che passa dagli animali all’uomo o sia derivato da una fuga di notizie di laboratorio presso l’Istituto di virologia di Wuhan.

Il mercato di Huanan è stato al centro della teoria dell’origine naturale perché molti dei primi casi noti di COVID-19 erano collegati al mercato. Gli animali venduti lì sono noti per essere ospiti di virus respiratori chiamati sarbecovirus, che includono SARS-CoV-2. Tuttavia, l’ipotesi della fuga di laboratorio ha guadagnato slancio nel 2021 e non è stata definitivamente esclusa.

L’ultimo documento, come il rapporto Zenodo, contiene dettagli sulle sequenze genomiche dei mammiferi presenti nei campioni di mercato. Gli autori hanno analizzato 60 campioni risultati positivi per SARS-CoV-2 – 11 in più rispetto al rapporto Zenodo – e altri 112 tamponi negativi.

“I risultati supportano l’ipotesi dell’origine naturale”, afferma un ricercatore che non è stato coinvolto in nessuno dei due studi e desidera rimanere anonimo a causa della controversia che circonda il lavoro sulle origini del COVID. “La presenza di molte specie di animali selvatici significa che potrebbe essersi verificato uno spillover virale che ha provocato la pandemia di COVID-19”, afferma lo scienziato. “Alcune di queste specie, come i cani procione, hanno il potenziale per trasmettere infezioni da SARS-CoV-2”, aggiunge la fonte. “La portata delle prove circostanziali nell’ultimo documento è maggiore di quanto si possa trovare per l’ipotesi alternativa, ovvero che sia trapelata da un laboratorio”.

Lo studio offre anche indizi sul ruolo del mercato nell’origine della pandemia. Nelle prime settimane dell’epidemia circolavano due ceppi di SARS-CoV-2, denominati A e B. Inizialmente, i test hanno identificato solo il lignaggio B sul mercato. Ciò ha portato alcuni ricercatori a concludere che il mercato potrebbe aver agito solo come sito per un primo evento di “superdiffusione”, piuttosto che come sito di uno spillover animale, perché si ritiene che il lignaggio A sia più ancestrale.

Ma la prestampa del China CDC pubblicata l’anno scorso ha identificato il lignaggio A in un campione. “È il risultato che mi ha davvero fatto cambiare idea, che mi ha fatto davvero dire: ‘OK, è molto probabile che provenga dal mercato‘”, afferma Débarre. Ma dice che alcuni si sono chiesti se il risultato fosse reale. “La nuova analisi conferma la presenza del lignaggio A, affrontando quei dubbi”, dice.

David Relman, un microbiologo della Stanford University in California, concorda con la valutazione degli autori nello studio secondo cui il mercato potrebbe aver agito da amplificatore della trasmissione di SARS-CoV-2. “È altrettanto possibile che gli esseri umani abbiano introdotto il virus sul mercato, come potrebbero aver fatto gli animali”.

Rilievi spuri

Alice Hughes, biologa presso l’Università di Hong Kong, è preoccupata per la qualità dell’analisi. Oltre ai frammenti genomici di animali compresi i cani procioni, Hughes afferma che il documento identifica il materiale genetico di panda, ratti talpa e scimpanzé. Dato che l’uccisione di un panda comporta la condanna a morte in Cina, “non c’è assolutamente alcuna traccia di panda in quel mercato”, afferma.

“Gli strani risultati potrebbero derivare dalla contaminazione del laboratorio o dall’elaborazione impropria dei dati che non è riuscita a eliminare le identificazioni di specie spurie”, afferma Hughes. “Dobbiamo stare estremamente attenti nell’interpretare o riporre troppa fiducia nella pubblicazione”.

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Débarre mette in discussione anche aspetti dei risultati. Gli autori del China CDC hanno utilizzato due metodi di analisi genomica: uno che cerca in tutti i geni e genomi disponibili e un altro che si concentra su sequenze specifiche nel genoma mitocondriale. “Il metodo dell’intero genoma ha rilevato solo poche sequenze di cane procione in un campione pieno di acidi nucleici di cane procione, secondo l’analisi Zenodo e l’analisi del genoma mitocondriale del CDC cinese”, afferma Débarre.

I dati non indicano chiaramente un animale specifico come ospite intermedio che ha trasmesso il virus agli esseri umani. Ma il ricercatore che ha voluto rimanere anonimo afferma che i risultati evidenziano ancora una volta alcuni animali, compresi i cani procione, che possono essere studiati per quanto bene trasmettono SARS-CoV-2.

Débarre afferma che ulteriori analisi forensi potrebbero rivelare se il DNA animale nei tamponi reca segni di attivazione del sistema immunitario, che potrebbero indicare un’infezione attiva. Ciò potrebbe aiutare a rispondere alle preoccupazioni secondo cui la presenza di virus e DNA animale nello stesso campione non indica necessariamente che un animale è stato infettato.

Ma Relman non pensa che ulteriori analisi dello stesso set di dati potrebbero portare a risposte significative sull’origine del virus. “Ciò di cui abbiamo veramente bisogno sono altri tipi di dati. Buoni dati verificabili sui primi eventi clinici a Wuhan”.

Fonte:Nature