Neoplasie mieloidi-Immagine Credit Public Domain-
L’identificazione delle alterazioni genetiche ricorrenti nelle neoplasie mieloidi ha migliorato la diagnosi e ampliato i trattamenti mirati disponibili per i pazienti. Tuttavia, l’inizio del trattamento può essere ritardato dai tempi di risposta variabili e lunghi coinvolti nei test per queste alterazioni.
In un nuovo studio, i ricercatori hanno valutato un sistema integrato di sequenziamento di nuova generazione (NGS) e hanno scoperto che può fornire diagnosi accurate basate sulla genomica per accelerare i tempi per terapie di precisione, a vantaggio così dei risultati per i pazienti.
I loro risultati appaiono in The Journal of Molecular Diagnostics, pubblicato da Elsevier.
Nelle neoplasie mieloidi, il midollo osseo produce troppi o troppo pochi globuli rossi, piastrine o alcuni globuli bianchi. La scoperta di alterazioni genetiche ricorrenti nelle neoplasie mieloidi ha migliorato l’accuratezza diagnostica e ampliato le opzioni terapeutiche mirate a disposizione dei pazienti. Questo progresso è particolarmente rilevante per migliorare il trattamento della leucemia mieloide acuta (LMA), per la quale esiste attualmente un triste tasso di sopravvivenza relativa a cinque anni del 30,5%.
Le attuali linee guida del National Comprehensive Cancer Network (NCCN) hanno ora approvato i test genetici per la LMA. Recentemente sono emerse numerose terapie farmacologiche mirate che si basano sulla presenza o assenza di specifiche alterazioni geniche. Questi farmaci sono utilizzati non solo per la malattia recidivante o refrattaria, ma anche come componente della chemioterapia di induzione per alcuni pazienti.
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“Il successo dell’implementazione di queste terapie si basa sulla conoscenza immediata delle caratteristiche genetiche della leucemia”, ha spiegato il ricercatore capo Kojo SJ Elenitoba-Johnson, MD, Dipartimento di patologia e medicina di laboratorio, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA, che era presso il Dipartimento di Patologia e Medicina di Laboratorio, Perelman School of Medicine dell’Università della Pennsylvania, Filadelfia, PA, USA, al momento in cui è stato condotto lo studio.
La determinazione delle caratteristiche genetiche della leucemia implica il test per alterazioni genetiche ricorrenti, diagnostiche e terapeuticamente rilevanti. Sfortunatamente, gli attuali strumenti diagnostici utilizzano più tecnologie, diversi domini di competenza e flussi di lavoro non collegati, con conseguenti tempi di consegna notevolmente variabili e lunghi che possono ritardare il trattamento.
“NGS è un potente strumento in grado di identificare la maggior parte di queste alterazioni; tuttavia, le attuali piattaforme NGS e i colli di bottiglia della bioinformatica rappresentano ostacoli significativi a una diagnosi ottimale e tempestiva, con tempi di consegna che spesso superano i 10-14 giorni, ritardando così le decisioni terapeutiche. Di conseguenza, i laboratori in genere eseguono test ridondanti per supportare tempi di risposta più rapidi per le varianti chiave”, dice Kojo SJ Elenitoba-Johnson, MD, Dipartimento di Patologia e Medicina di Laboratorio, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA.
Per affrontare la necessità di identificare queste alterazioni in modo più efficiente, i ricercatori hanno valutato il pannello Oncomine Myeloid Assay GX sulla piattaforma Ion Torrent Genexus, un rapido test (meno di 24 ore di acido nucleico per determinare il tempo di risposta) nella piattaforma NGS di acido nucleico integrata per il rilevamento di aberrazioni genetiche clinicamente rilevanti nelle malattie mieloidi. I campioni includevano controlli di DNA sintetico (101 bersagli) e RNA (9 bersagli) e materiale di acido nucleico del mondo reale derivato da campioni di midollo osseo o sangue periferico (40 pazienti). I campioni clinici di DNA e RNA sono stati identificati retrospettivamente da campioni di sangue o midollo osseo che erano già stati sottoposti a estrazione di acido nucleico e test genetici in un laboratorio clinico certificato CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments) seguendo protocolli precedentemente convalidati.
I risultati e gli indici delle prestazioni sono stati confrontati con quelli ottenuti da flussi di lavoro di test genomici validati clinicamente in due laboratori clinici separati. Il test ha identificato il 100% delle varianti di controllo del DNA e dell’RNA. Per i campioni derivati da pazienti, ha riportato 82 varianti di DNA su 107 e tutte le 19 fusioni geniche di RNA identificate su analisi convalidate clinicamente, ottenendo un tasso di rilevamento complessivo dell’80%. La rianalisi dei dati esportati e non filtrati ha rivelato 15 varianti del DNA che non erano state inizialmente identificate, ottenendo un tasso di rilevamento potenziale complessivo del 92%.
Questi risultati sono promettenti per l’implementazione di un sistema NGS integrato per rilevare rapidamente le aberrazioni genetiche, facilitare diagnosi accurate basate sulla genomica e accelerare i tempi per terapie di precisione nelle neoplasie mieloidi.
“Ci sono vantaggi significativi per il flusso di lavoro di laboratorio utilizzando questa piattaforma rispetto agli attuali metodi di test”, ha commentato la dìDott.ssa Elenitoba-Johnson. “Piattaforme automatizzate e integrate basate sul flusso di lavoro che forniscono risultati clinicamente rilevanti in meno di 24 ore potrebbero rivoluzionare l’iter diagnostico delle condizioni neoplastiche, migliorando potenzialmente gli esiti dei pazienti. La disponibilità di risultati accurati in tempi clinicamente rilevanti consentirà l’implementazione di studi genomici in prima linea per la valutazione diagnostica dei pazienti. Flussi di lavoro automatizzati come questi miglioreranno l’efficienza operativa e avranno un impatto economico significativo sulle spese di laboratorio data la ridotta necessità di coinvolgimento umano nell’esecuzione dei test di laboratorio.
