Omicron: come è stata trovata la nuova variante?

Gli scienziati trovano varianti sequenziando campioni di persone che sono risultate positive al virus.

Sin dall’inizio della pandemia da COVID 19, il Network for Genomics Surveillance in South Africa ha monitorato i cambiamenti in SARS-CoV-2 . Questo è stato uno strumento prezioso per capire meglio come si è diffuso il virus. Alla fine del 2020, la rete ha rilevato una nuova linea di virus, 501Y.V2 che in seguito è diventata nota come variante beta. Ora è stata identificata una nuova variante SARS-CoV-2 – B.1.1.529 . L’Organizzazione Mondiale della Sanità l’ha dichiarata una variante di preoccupazione, e le ha assegnato il nome Omicron. Per aiutarci a capire di più, Ozayr Patel di The Conversation Africa ha chiesto agli scienziati di condividere ciò che sanno.

Quale scienza dietro la ricerca?

La ricerca di varianti richiede uno sforzo concertato. Il Sudafrica e il Regno Unito sono stati i primi grandi paesi a implementare iniziative di sorveglianza genomica a livello nazionale per SARS-CoV-2 già nell’aprile 2020.

La caccia alle varianti, per quanto entusiasmante possa sembrare, viene eseguita attraverso il sequenziamento dell’intero genoma di campioni che sono risultati positivi al virus. Questo processo prevede il controllo di ogni sequenza ottenuta per le differenze rispetto a ciò che sappiamo circolare in Sud Africa e nel mondo. Quando vediamo più differenze, questo solleva immediatamente una bandiera rossa e indaghiamo ulteriormente per confermare ciò che abbiamo notato. Fortunatamente, il Sudafrica è ben preparato per questo grazie a un archivio centrale di risultati di laboratorio del settore pubblico presso il National Health Laboratory Service, (NGS-SA), buoni collegamenti con laboratori privati, il Provincial Health Data Center della Western Cape Province e lo stato dell’arte nella competenza modellistica.

Inoltre, il Sudafrica ha diversi laboratori che possono coltivare e studiare il virus reale e scoprire fino a che punto gli anticorpi, formati in risposta alla vaccinazione o a una precedente infezione, sono in grado di neutralizzare il nuovo virus. Questi dati ci permetteranno di caratterizzare il nuovo virus.

Varianti 3d del virus Covid-19 (Sars-COV-2). Alfa, Beta, Gamma, Delta in sfondo bianco.

La variante beta si è diffusa in modo molto più efficiente tra le persone rispetto al SARS-CoV-2 “di tipo selvaggio” o “ancestrale” e ha causato la seconda ondata di pandemia in Sudafrica. È stata quindi classificata come una variante preoccupante. Durante il 2021, un’altra variante di preoccupazione chiamata delta si è diffusa in gran parte del mondo, incluso il Sudafrica, dove ha causato una terza ondata di pandemia .

Molto recentemente, il sequenziamento di routine dei laboratori membri di Network for Genomics Surveillance ha rilevato un nuovo ceppo di virus B.1.1.529 ciamato ora Omicron, in Sud Africa. Settantasette campioni raccolti a metà novembre 2021 nella provincia di Gauteng avevano questo virus. Omicron è stato anche segnalato in piccoli numeri dai vicini Botswana e Hong Kong. Secondo quanto riferito, il caso di Hong Kong è un viaggiatore dal Sudafrica.

L’Organizzazione Mondiale della Sanità ha dato a B.1.1.529 il nome Omicron e l’ha classificata come una variante preoccupante, come beta e delta.

Perché il Sudafrica presenta varianti preoccupanti?

Non lo sappiamo per certo. Certamente sembra essere più del semplice risultato di sforzi concertati per monitorare il virus in circolazione. Una teoria è che le persone con un sistema immunitario altamente compromesso e che sperimentano un’infezione attiva prolungata perché non possono eliminare il virus, potrebbero essere la fonte di nuove varianti virali.

Il presupposto è che un certo grado di “pressione immunitaria” (che significa una risposta immunitaria che non è abbastanza forte per eliminare il virus, ma esercita un certo grado di pressione selettiva che “costringe” il virus ad evolversi), crei le condizioni per l’emergere di nuove varianti.

Nonostante un programma di trattamento antiretrovirale avanzato per le persone che vivono con l’HIV, numerosi individui in Sud Africa hanno una malattia da HIV avanzata e non sono in trattamento efficace. Sono stati studiati diversi casi clinici che supportano questa ipotesi, ma molto resta da imparare.

Perché questa variante Omicron è preoccupante?

La risposta breve è che non lo sappiamo. La risposta lunga è che Omicron  porta alcune mutazioni che sono preoccupanti che non sono state osservate prima in questa combinazione e la sola proteina spike ha oltre 30 mutazioni. Questo è importante, perché la proteina spike è ciò che costituisce la maggior parte dei vaccini.

Possiamo anche dire che B.1.1.529 ha un profilo genetico molto diverso da altre varianti circolanti di interesse e preoccupazione. Non sembra essere una “figlia di delta” o “nipote di beta” ma rappresenta piuttosto una nuova stirpe di SARS-CoV-2.

Alcuni dei suoi cambiamenti genetici sono noti da altre varianti e sappiamo che possono influenzare la trasmissibilità o consentire l’evasione immunitaria, ma molti sono nuovi e non sono stati ancora studiati. Mentre possiamo fare alcune previsioni, stiamo ancora studiando fino a che punto le mutazioni influenzeranno il suo comportamento.

Vogliamo conoscere la trasmissibilità, la gravità della malattia e la capacità del virus di “sfuggire” alla risposta immunitaria nelle persone vaccinate o guarite. Lo stiamo studiando in due modi.

Vedi anche:Variante Omicron: i vaccini ci salvano?

In primo luogo, attenti studi epidemiologici cercano di scoprire se il nuovo ceppo mostra cambiamenti nella trasmissibilità, capacità di infettare individui vaccinati o precedentemente infetti, e così via.

Allo stesso tempo, gli studi di laboratorio esaminano le proprietà del virus. Le sue caratteristiche di crescita virale vengono confrontate con quelle di altre varianti del virus e viene determinato quanto bene il virus può essere neutralizzato dagli anticorpi trovati nel sangue di individui vaccinati o guariti.

Alla fine, il pieno significato dei cambiamenti genetici osservati in B.1.1.529 risulterà evidente quando si prenderanno in considerazione i risultati di tutti questi diversi tipi di studi. È un’impresa complessa, impegnativa e costosa, che andrà avanti per mesi, ma indispensabile per capire meglio il virus e ideare le migliori strategie per combatterlo.

Le prime indicazioni dicono che questa variante causa sintomi diversi o una malattia più grave?

Non ci sono ancora prove di differenze cliniche. Quello che è noto è che i casi di infezione da B.1.1.529 sono aumentati rapidamente nel Gauteng, dove sembra che stia iniziando la quarta ondata di pandemia del Paese. Ciò suggerisce una facile trasmissibilità, sebbene su uno sfondo di interventi non farmaceutici molto rilassati e un basso numero di casi. Quindi non possiamo ancora dire veramente se B.1.1.529 viene trasmesso in modo più efficiente rispetto alla variante di preoccupazione precedentemente prevalente, delta.

È più probabile che COVID-19 si manifesti come una malattia grave, spesso pericolosa per la vita negli anziani e nei malati cronici. Ma i gruppi di popolazione spesso più esposti per primi a un nuovo virus sono persone più giovani, mobili e generalmente sane. Se B.1.1.529 si diffonderà ulteriormente, ci vorrà del tempo prima che i suoi effetti, in termini di gravità della malattia, possano essere valutati.

Fortunatamente, sembra che tutti i test diagnostici finora controllati siano in grado di identificare il nuovo virus.

Ancora meglio, sembra che alcuni test commerciali ampiamente utilizzati mostrino uno schema specifico: due delle tre sequenze del genoma bersaglio sono positive, ma la terza no. È come se la nuova variante spuntasse costantemente due caselle su tre nel test esistente. Questo può servire come indicatore per B.1.1.529, il che significa che possiamo stimare rapidamente la percentuale di casi positivi dovuti all’infezione da B.1.1.529 al giorno e per area. Questo è molto utile per monitorare la diffusione del virus quasi in tempo reale.

È probabile che i vaccini attuali proteggano dalla nuova variante?

Ancora una volta, non lo sappiamo. I casi noti includono individui che erano stati vaccinati. Tuttavia, abbiamo appreso che la protezione immunitaria fornita dalla vaccinazione diminuisce nel tempo e non protegge tanto dalle infezioni quanto piuttosto dalle malattie gravi e dalla morte. Una delle analisi epidemiologiche avviate sta esaminando quante persone vaccinate vengono infettate da B.1.1.529.

La possibilità che B.1.1.529 possa eludere la risposta immunitaria è sconcertante. La speranza è che gli alti tassi di sieroprevalenza, le persone che sono già state infettate, riscontrate da diversi studi forniscano un grado di “immunità naturale” per almeno un periodo di tempo.

In definitiva, tutto ciò che si sa finora su B.1.1.529 evidenzia che la vaccinazione universale è ancora la nostra migliore scommessa contro COVID-19 grave e, insieme agli interventi non farmaceutici, farà molto per aiutare il sistema sanitario a far fronte alla prossima ondata .

Scritto da:

• Prof. Wolfgang Preiser, capo: Divisione di virologia medica, Università di Stellenbosch
• Cathrine Scheepers, Senior Medical Scientist, Università del Witwatersrand
• Jinal Bhiman, Principal Medical Scientist presso l’Istituto nazionale per le malattie trasmissibili (NICD), Istituto nazionale per le malattie trasmissibili
• Marietjie Venter, Responsabile: Zoonotic, Arbo and Respiratory Virus Programme, Professore, Dipartimento di Virologia Medica, Università di Pretoria
• Tulio de Oliveira, Direttore: KRISP – KwaZulu-Natal Research and Innovation Sequencing Platform, University of KwaZulu-Natal

Fonte:Schitechdaily