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Scoperti nuovi coronavirus correlati a SARS nei pipistrelli

(SARS-CoV-2- Immagine Credit Public Domain).

SARS-CoV-2, che è l’agente eziologico della pandemia da COVID-19, è un coronavirus identificato relativamente di recente che da allora si è diffuso in tutto il mondo.

Si ritiene che SARS-CoV-2 sia di natura zoonotica, in quanto il virus probabilmente si è trasferito da un animale a un ospite umano a un certo punto, alla fine del 2019. Sebbene l’origine esatta di questo virus rimanga sconosciuta, è altamente probabile che abbia  avuto origine da coronavirus di pipistrello ferro di cavallo o pangolino. Entrambi questi ceppi zoonotici di coronavirus presentano un gran numero di somiglianze con SARS-CoV-2 sotto diversi aspetti; pertanto, la ratifica di quale di questi ha inizialmente dato origine a SARS-CoV-2 rimane una sfida.

In un recente studio ( non peer-reviewed *) pubblicato sul server bioRxiv *, Peng Zhou, Zheng-Li Shi e colleghi dell’Istituto di virologia di Wuhan, con la collaborazione di scienziati dell’Università dell’Accademia cinese delle scienze in Cina, hanno identificato una nuova linea di coronavirus correlati a SARS che utilizzano i recettori dell’enzima di conversione dell’angiotensina 2 (ACE2) di pipistrello per l’ingresso nelle cellule, che è lo stesso recettore utilizzato da SARS-CoV-2 per infettare le cellule ospiti.

Vedi anche:I geni SARS-CoV-2 si integrano nel genoma umano?

RaTG13, RatG15 e altri coronavirus correlati a SARS

ACE2 è un enzima situato sulla membrana cellulare delle cellule principalmente respiratorie, cardiache ed epatiche negli animali ed è responsabile del controllo della pressione sanguigna. SARS-CoV-2 utilizza ACE2 come sito di ingresso per ospitare le cellule. Poiché l’ACE2 si trova principalmente nei polmoni e nel sistema respiratorio, SARS-CoV-2 e, successivamente COVID-19, spesso causano l’insorgenza di sintomi respiratori a seguito dell’infezione.

Guo e colleghi hanno campionato i pipistrelli catturati nella provincia dello Yunnan nel 2015 e hanno prelevato tamponi anali per estrarre l’acido ribonucleico virale (RNA), che sono stati poi conservati e sequenziati. Tra i virus trovati all’interno di questi pipistrelli, il team ha identificato un ceppo virale, RaTG13, come altamente simile a SARS-CoV-2, condividendo un’identità genomica del 96,2%.

Scoperta di una nuova stirpe di SARSr-CoV di pipistrello.  (A) Analisi del grafico di somiglianza basata sulla sequenza del genoma a lunghezza intera di pipistrello SARSr-CoV RaTG15.  Come sequenze di riferimento sono state utilizzate sequenze genomiche di lunghezza completa di SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, pipistrello e pangolino correlati a SARS-CoV-2.  L'analisi è stata eseguita con il modello Kimura, una dimensione della finestra di 1500 paia di basi e una dimensione del gradino di 150 paia di basi.  (B) Albero filogenetico basato su sequenze genomiche complete di betacoronavirus.  Gli alberi sono stati costruiti con il metodo Neighbor-joining utilizzando il modello Jukes-Cantor con valori di bootstrap determinati da 1000 repliche.  Vengono visualizzati i bootstrap /> 50%.  Le barre della scala rappresentano 0,1 sostituzioni per posizione nucleotidica.  I nuovi SARSr-CoV caratterizzati in questo studio sono mostrati in grassetto.  Ra, Rhinolophus affinis;  Rst, Rhinolophus stheno;  Rsh,  Rhinolophus shameli;  Rs, Rhinolophus sinicus;  Rac, Rhinolophus acuminatus;  Rm, Rhinolophus malayanus;  Rc, Rhinolophus cornutus;  MHV, virus dell'epatite murina.

Scoperta di una nuova stirpe di SARSr-CoV di pipistrello. (A) Analisi del grafico di somiglianza basata sulla sequenza del genoma a lunghezza intera di pipistrello SARSr-CoV RaTG15.4

È stato inoltre riscontrato che otto ulteriori coronavirus correlati a SARS condividono il 93,5% della loro identità genomica con SARS-CoV-2. Questi otto virus erano tutti quasi identici, poiché condividevano tra loro più del 99,7% della loro identità genomica.

Uno di questi ceppi, RaTG15, è risultato simile al 95,3% a SARS-CoV-2 e al 92,5% simile a SARS-CoV-1, che è stato l’agente eziologico dell’epidemia di SARS nel 2002-2003.  Attraverso ulteriori test, il team di ricerca ha concluso che RaTG15 e i suoi ceppi correlati non sono in grado di avere il potenziale zoonotico di SARS-CoV-2. Ciò contrasta con i coronavirus del pangolino, molti dei quali hanno un potenziale di ricaduta molto elevato in termini di utilizzo dei recettori cellulari.

Conclusione

Questa nuova stirpe di coronavirus di pipistrello correlati a SARS fa luce sulle potenziali origini del virus. RaTG13 e gli altri coronavirus correlati a SARS discussi in questo articolo hanno dimostrato un’affinità di legame minima per l’ACE2 umano, indicando che è improbabile che questi virus abbiano dato origine a SARS-CoV-2. Il potenziale di infezione tra specie diverse è significativamente più alto nei coronavirus correlati al pangolino, nonostante l’elevato grado di correlazione (~ 99%) tra SARS-CoV-2 e questa nuova linea di pipistrelli-CoV.

I ricercatori di questo studio evidenziano che è necessario un campionamento longitudinale di pipistrelli e pangolini, così come di altri ospiti animali intermedi, per cogliere appieno le origini della pandemia COVID-19.

Fonte: bioRxiv

 

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