L’analisi delle variazioni genetiche e l’evidenza di eventi di ricombinazione indicano in conclusione che la sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2) poteva circolare tra gli umani da anni, come riportato da un recente articolo pubblicato su un server di prestampa bioRxiv.
Immagine: coronavirus associato a una malattia respiratoria a Wuhan, nella provincia di Hubei, in Cina. Adesione MN908947.
Specificità genomiche di SARS-CoV-2
Anche se SARS-CoV-2 condivide tratti genomici simili con altri coronavirus, la sua sequenza è significativamente diversa da alcuni altri betacoronavirus noti per infettare l’uomo. Il nuovo coronavirus condivide l’identità della sequenza amminoacidica del 76% con SARS-CoV, l’identità del 43% con MERS- CoV e identità del 33% con HCoV-HKU1.
Dall’altra parte, SARS-CoV-2 condivide il 96% di somiglianza con un coronavirus raccolto nella provincia di Yunnan (Cina) da una specie di pipistrello Rhinolophus affinis, motivo per cui si ritiene che il virus abbia probabilmente avuto origine da pipistrelli. Ma rimane il mistero se il virus si sia trasferito direttamente dai pipistrelli agli umani o se un ospite intermedio fosse implicato nello “spillover”.
Un recente articolo di ricerca pubblicato sulla rivista Nature dal Dr. Tommy Tsan-Yuk Lam e dai suoi colleghi ha suggerito che i pangolini dovrebbero essere considerati come possibili ospiti, poiché ospitano effettivamente coronavirus correlati a SARS-CoV-2. È piuttosto sorprendente che questi virus del pangolino presentino specifiche regioni genomiche molto strettamente correlate al virus umano – soprattutto il dominio di legame del recettore responsabile dell’attacco e dell’infezione delle cellule umane.
Tuttavia, restano da chiarire alcune questioni riguardanti l’origine, il punto di introduzione umana, i modelli evolutivi e la forza trainante della pandemia di COVID-19. Recentemente, un gruppo di ricerca di Taiwan ha cercato di affrontare questi problemi in un documento intitolato “L’origine e le forze motrici alla base dell’epidemia SARS-CoV-2″ recentemente apparso sul servizio di prestampa bioRxiv, senza una formale revisione tra pari.
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Un nuovo virus con un antico pedigree
La Dr.ssa Shu-Miaw Chaw del Centro di ricerca sulla biodiversità (Academia Sinica, Taipei, Taiwan) e i suoi colleghi hanno analizzato 137 genomi di SARS-CoV-2 (così come i coronavirus correlati) e hanno trovato prove di origine recente e ricombinazione intergenomica. Quest’ultimo è un processo descritto in una vasta gamma di virus e può consentire a varianti specifiche di stabilire una relazione con il nuovo host. Tuttavia, gli autori affermano che la somiglianza della sequenza del dominio di legame del recettore tra SARS-CoV-2 e una sequenza derivata dal pangolino coronavirus è probabilmente dovuta a un’antica introgressione intergenomica. Ciò significa che SARS-CoV-2 potrebbe essere stato cripticamente presente tra gli esseri umani per anni prima di essere notato di recente.
L’antica origine di SARS-CoV-2 è ulteriormente rafforzata dalla mancanza di firme che indicano l’evoluzione adattativa, come dimostrato dagli spettri di frequenza nei campioni del recente scoppio. “Per un virus acquisito di recente, sono previsti una rapida evoluzione e una forte firma di selezione positiva“, ammoniscono gli autori dello studio. “Ad esempio, durante la sua breve epidemia nel 2002-2003, diversi cicli di cambiamenti adattativi sono stati documentati nel genoma SARS-CoV“, aggiungono.
Comprensione del percorso evolutivo
A differenza dell’evoluzione adattativa precedentemente dimostrata per SARS-CoV durante la breve epidemia di SARS, l’analisi dei genomi di SARS-CoV-2 rivela segni di rilassamento della selezione. Dopo l’adattamento all’ospite, il virus può evolversi in seguito a tale selezione rilassata o purificante vista in questo nuovo coronavirus, che è una delle forze motrici evolutive. Quindi, ulteriori lavori sono cruciali per sequenziare un gran numero di campioni dall’evento dell’epidemia precoce, nonché per esaminare gli archivi ospedalieri alla ricerca di tracce di antenati SARS-CoV-2.
“Queste informazioni non solo possono aiutarci a comprendere il percorso evolutivo di questo virus, ma anche svelare i passaggi critici utilizzati per raggiungere una diffusione efficace nell’uomo”, spiegano gli autori dello studio. “La natura non esaurisce mai il materiale per creare nuovi agenti patogeni. Non è se, ma quando e dove si verificherà la prossima epidemia”, concludono gli autori dello studio.
Fonte: bioRxiv preprint server
